El Programa ProGobernanza tiene los siguientes objetivos:
PRIMER OBJETIVO: Promover escenarios de concertación articulados territorialmente, desde la perspectiva de innovación social que aporte en la implementación de los ODS de la Agenda 2030, como por ejemplo, la promoción del turismo escalable a nivel sub nacional, internacional (Circuitos Binacionales) e intercontinental en sus diversas modalidades; la promoción de parques temáticos e industriales; el incremento de la eficiencia energética con base en el uso de energías renovables o de aquellas que provienen de sistemas gestionables -planta procesadora de biomasa: residuos orgánicos, sanitarios e industriales-, geotérmicos y, solar termoeléctricos) y; el mejoramiento del sector agropecuario (transferencia de tecnología), entre otras áreas relevantes para el desarrollo económico.
SEGUNDO OBJETIVO: Brindar asistencia técnica a gobiernos sub nacionales y organizaciones de la sociedad civil para la mejora de los procesos de gestión del cambio, planificación estratégica del desarrollo urbano y la optimización de la gestión pública orientada a resultados, especialmente de aquellos vinculados globalmente a mitigar el cambio climático, a la promoción del desarrollo infantil temprano para el afronte de la Desnutrición Crónica y Anemia, la lucha contra de la violencia familiar y sexual, así como la prevención del consumo de drogas, la promoción de las personas adultas mayores, entre otros aspectos de fundamental relevancia para el desarrollo humano, económico y social, desde la perspectiva de derechos y reducción de brechas sociales.
TERCER OBJETIVO: Fortalecer capacidades para la integración territorial y la actoria política, desde la perspectiva de participación ciudadana e inclusión social.